前面说到怎么用ggplot做一个火山图来查看各个基因的表达情况,火山图是以log2FC值为横坐标,以-log10(FDR)值作为纵坐标,将所有的基因都做了点状图。虽然能比较直观地看到所有基因表达情况,但我们真正感兴趣的是处理后差异表达的基因。因此,我们也可以通过前面得到的表达矩阵获得差异表达的基因名,对raw count数据进行提取和均一化,然后做一个差异基因的热图,能更直观地看到差异基因在各个样本中的上调下调情况。
前面说到怎么用ggplot做一个火山图来查看各个基因的表达情况,火山图是以log2FC值为横坐标,以-log10(FDR)值作为纵坐标,将所有的基因都做了点状图。虽然能比较直观地看到所有基因表达情况,但我们真正感兴趣的是处理后差异表达的基因。因此,我们也可以通过前面得到的表达矩阵获得差异表达的基因名,对raw count数据进行提取和均一化,然后做一个差异基因的热图,能更直观地看到差异基因在各个样本中的上调下调情况。