有的时候存在这种情况:我手上有两个近缘植物的基因组测序数据,这两个物种可能没有人做过,或者别人做过但是没有提供参考基因组。而课题组因为经费不足,只测了一个物种的Hi-C(嗯,说的就是我),那如何以组装的基因组为参考,把另一个近缘物种基因组也组装到染色体级别呢?
记录一下基于近缘物种参考基因组的染色体水平组装和注释,用到的软件是RagTag
以及配套的Liftoff
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有的时候存在这种情况:我手上有两个近缘植物的基因组测序数据,这两个物种可能没有人做过,或者别人做过但是没有提供参考基因组。而课题组因为经费不足,只测了一个物种的Hi-C(嗯,说的就是我),那如何以组装的基因组为参考,把另一个近缘物种基因组也组装到染色体级别呢?
记录一下基于近缘物种参考基因组的染色体水平组装和注释,用到的软件是RagTag
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