在基因组注释(4)——基因预测这篇博客中记录了怎么用braker3
进行蛋白编码基因的预测,当时为了方便安装和使用,直接下载了官方的singularity
容器。用过braker3的朋友会发现,官方给的BRAKER标准运行流程中是不包括UTR区域预测的,也就是说,最后得到的gtf/gff文件中没有3’或者5’UTR区域的信息。
前排提示,以下操作是个人尝试,不保证一定正确。
在基因组注释(4)——基因预测这篇博客中记录了怎么用braker3
进行蛋白编码基因的预测,当时为了方便安装和使用,直接下载了官方的singularity
容器。用过braker3的朋友会发现,官方给的BRAKER标准运行流程中是不包括UTR区域预测的,也就是说,最后得到的gtf/gff文件中没有3’或者5’UTR区域的信息。
前排提示,以下操作是个人尝试,不保证一定正确。
在对基因组重复序列和ncRNA进行注释后,接下来是基因预测和功能注释,这也是寻找功能基因的基础和前提。这里主要记录下怎么用Braker3进行基因组的基因预测(也就是结构注释)。