HTseq也是对有参考基因组转录数据进行表达量分析的,主要用于reads计数。这个软件功能就比较专一,不像stringtie还需要运行prepDE.py脚本进行数据转化,直接一步到位。那为什么我一开始不用HTseq呢?因为我遇到一个bug 主要还是运算速度的问题,我比较了两种定量方式,HTseq定量虽然只有一步,但是速度远不如stringtie,也可能是我的问题,下面会说到。
HTseq也是对有参考基因组转录数据进行表达量分析的,主要用于reads计数。这个软件功能就比较专一,不像stringtie还需要运行prepDE.py脚本进行数据转化,直接一步到位。那为什么我一开始不用HTseq呢?因为我遇到一个bug 主要还是运算速度的问题,我比较了两种定量方式,HTseq定量虽然只有一步,但是速度远不如stringtie,也可能是我的问题,下面会说到。